В структуру ГБУ РК «Крымпатриотцентр» входят отделы:
- Руководство центра;
- Отдел бухгалтерского учета и отчетности;
- Отдел допризывной подготовки граждан;
- Отдел взаимодействия с образовательными учреждениями;
- Отдел взаимодействия с общественными организациями и духовно-нравственного воспитания;
- Отдел военно-патриотического воспитания, поисковой и реконструкторской работы, военно-исторического туризма и увековечивания памяти воинов, павших при защите отечества;
- Отдел информационно-аналитической работы и взаимодействия со СМИ;
- Технические службы.
